In diesem Abschnitt beschäftigen wir uns mit dem Muxing – also dem Zusammenfügen aller Einzelteile zum fertigen Film. In der Regel erfüllt diese Aufgabe das Encoding-Frontend gleich mit, allerdings unterstützt kein Frontend sämtliche Spezialitäten sämtlicher Container. Deswegen kann es manchmal nötig werden, selbst Hand anzulegen.
Normalerweise ist es kein Problem, das Muxing erst einmal dem Frontend zu überlassen, dann die fertige Datei in das passende, voll ausgestattete, Muxingprogramm für den gewünschten Container zu laden und alles das zu ändern und zu ergänzen, was notwendig ist. Oft ist das sogar weniger aufwändig als aus sämtlichen Einzelteilen den Film komplett neu zusammenzubauen.